因为这两类肥料虽然自2010年开始均执行 “国家标准”，但其生产制作工艺、质量的养分配比以及国家监督管理方式是不同的。导致肥料的效果及价格也不同，复合肥优于复混肥，不能充当复混肥。
生产制作工艺不同
复合肥的生产工艺主要是利用化学反应的方法制成肥料，其制作工艺需要复杂的技术和价值昂贵的生产设备才能完成。复混肥制作工艺比较简单。只需要将作物所需要的氮、磷、钾及微量元素按养分标明量用机械掺混就可以制成。
养分的配比及含量不同
复合肥料的养分配比及含量比较稳定，属于定性型肥料产品，主要包括碳酸氢铵 （氮17%），尿素（氮46%），硫酸铵（氮21%），硝酸铵（氮35%），氯化铵（氮23%），过磷酸钙 （五氧化二磷12%），钙镁磷肥 （五氧化二磷14%、18%），重过磷酸钙 （五氧化二磷45%），硝酸磷肥 （氮20%、五氧化二磷20%），磷酸一铵(氮11%、五氧化二磷44%)，磷酸二铵（氮18%、五氧化二磷46%），硫酸钾（氧化钾50%），氯化钾（氧化钾60%），磷酸二氢钾（五氧化二磷52%、氧化钾32%），农用硫酸锰、硫酸锌、硫酸铜、钼酸铵等。
复混肥料主要含有氮、磷、钾及不同含量的微量元素，包括二元复混肥（氮+五氧化二磷+氧化钾）如：20-0-10、15-12-0或0-15-12（粒状）等。三元复混肥（氮-磷-钾）如：15-15-15、20-15-5或22-5-10（粒状）等。多元素复混肥是至少有氮、磷、钾及三种以上微量元素，用掺混方法制成的肥料，有的简称“大量元素水溶肥料”，如：22-10-18，微量元素≥0.5%（固体）。
有机—无机复混肥为含有机养分和无机养分的肥料，如：（氮+五氧化二磷+氧化钾）12-5-8，有机质≥20%（粒状）；有的称为“有机肥料”如：氮﹢五氧化二磷﹢氧化钾≥6%有机质≥30%（粒或粉状）；有的称为“氨基酸液体肥料”如：氨基酸≥10%微量元素≥2%（液体）；氮﹢氧化钾≥6%（3-0-3）中量元素≥0.5%，微量元素≥0.5%，氨基酸≥10%（液体）；还有的是“腐植酸水溶肥料”如：6-4-10腐植酸≥4%（固体），均属于有机——无机复混肥。
监督管理方式不同
由于复合肥料只要有完备的化工设备，无需生产许可证和肥料监测登记证，就可以直接生产和销售肥料产品。而复混肥生产用掺混方法，无需昂贵的化工设备，以次充好、以假充真比较容易，因此，国家有关部门加大了对化肥企业的监督管理力度。一是国家质检部门对复混肥生产企业实行《工业产品生产许可证》制度，对不具备条件的企业一律不能加工和生产复混肥。二是农业部 《肥料登记管理办法》对复混肥料产品实行监测登记管理制度，凡未经监测登记的产品或未在肥料外包装袋标注登记证编号的产品一律不能厂家自销或进入市场销售。而有些化肥生产企业以复混肥充当复合肥，蒙骗群众，提醒广大农民购买复合肥时一定要认准包装袋标注的品牌和商标，复混肥要认准包装袋标注的生产许可证及肥料登记证编号，同时索要购货发票，防止上当受骗，蒙受损失。
