1995年，《HIStory:Past,PresentandFuture-BookI》发行了。这是一张将15首新歌和从前的畅销曲目一起发行的双CD专辑。首支单曲“Scream”，是他与妹妹珍妮·杰克逊的合唱作品，也是有着高科技含量的动感舞曲。而由R&B歌手R·凯利创作和制作的“YouAreNotAlone”，则成为了他的第13支冠军单曲。这张专辑发行首周即成为冠军专辑，并卖出了700万张（世界范围内1800万张），保持了由《Bad》（美国800万张，世界范围2800万张）和《Dangerous》（美国700万张，世界范围2900万张）创下的多白金标准——令人敬畏的数目，仅次于《Thriller》创下的无与伦比的历史性的数字。
专辑《Invincible》于2001年10月正式发行，包含了16首全新大作：如首支主打单曲"YouRockMyWorld"和电台热播的“Butterflies”。制作人包括RodneyJerkins、TeddyRiley、R.Kelly和Dr.Freeze，在开场曲“Unbreakable”、拉丁风情的“WhateverHappens”（CarlosSantana吉他合奏）和让人回味的“Speechless”中AndraeCrouch福音合唱中，杰克逊又一次的展现了他全面的音乐风格。2003年11月，杰克逊发行了精选集《NumberOnes》，18首歌中的16首为曾经发行过的歌曲，展现了杰克逊从《OffTheWall》到《Invincible》的音乐历程，另外两首则是他的冠军歌曲“Ben”的现场版和新单曲“OneMoreChance”。截止2004年年末，《NumberOnes》在全球已经卖出了600万张。
2004年11月16日，迈克尔•杰克逊发行了《迈克尔·杰克逊：终极收藏》套装合辑。这本豪华的5碟装新专辑一网打尽了从1969年到2004年的57首畅销单曲和13首从未发行过的单曲，再加上从未发行过的1992年现场演唱会的DVD——使歌迷们得以再度领略到迈克尔·杰克逊永远精湛高超的音乐天才和远无弗界的影响力。
2005年，杰克逊在历时两年的新一轮娈童案起诉中被证完全无罪，十四项指控均不成立。6月，他前往中东的巴林王国生活。
2006年，欧洲SonyBMG发行了20张MichaelJackson的单曲经典收藏套装《梦幻》。每张单曲碟都采用最新的DualDisc技术，一面CD，一面DVD。吸引歌迷抢购。这个套装，也于11月14日在美国发行。
2006年4月，杰克逊宣布已经签约中东唱片公司“双海”，并开始制作一张新专辑，预计会在2007年底发行。全球翘首以盼天王归来。5月，杰克逊宣布展开亚洲行，有意到访东京、上海、香港和新加坡。但最终他只到日本领取了MTV录影奖的“传奇奖”。
