2008年11月4日，两岸签署《海峡两岸海运协议》，双方同意相互开放主要对外港口作为直航港口，两岸船舶经许可后都可从事两岸间客货直接运输，大陆开放63个港口，台湾开放11个港口。去年12月11日，台湾方面决定再增加开放苏澳港及花莲和平港。至此，台湾方面开放两岸直航港口共有13个，而这些港口也正想方设法地做大做强两岸海上直航这篇“文章”。
台湾：高雄港受益最大
高雄港集装箱装卸年设计能量为1000万TEU，但受全球金融风暴及景气衰退影响，去年集装箱装卸量只有967万TEU，较前年约下降5%，全球集装箱港排名跌至第12名。而为了应对经营环境挑战，高雄港已陆续推动多项扩建计划，包含洲际集装箱中心一期工程、高雄港一二期港口浚深工程等计划，除了可吸引大型船舶靠泊，预计2013年完成新建4座深水码头后，年可增加集装箱装卸能量约200万TEU，有助于提升集装箱装卸量。
两岸开启海上直航后，高雄港全球航线网更趋完整，有利于高雄港发展成为区域物流中心。高雄港务当局表示将成立方案小组推动业务发展，已锁定有利高雄港的相关港务业务，利用港深、潮差稳定和缩减航程的优势，争取扩大两岸货物运输量。两岸海上直航后，高雄港集装箱装卸量明显回升，去年12月完成装卸量70.2万TEU，环比上涨7%。今年1－2月高雄港累计完成装卸量117万TEU。
而当前，高雄港也面临着台北港正式营运对其产生的排挤效应。台湾三大船公司的长荣海运、阳明海运及万海航运陆续安排旗下船只靠泊装卸，把原本应在高雄港转运的货物移至台北港进出。面对台北港开港的威胁，高雄港准备与大陆小港口合作，希望通过船公司开辟新航线，吸引来自大陆的中转箱源。
大陆：中小港口紧握机遇海峡西岸经济区加速形成
3月初，温家宝总理在政府工作报告中明确指出，要支持海峡西岸和其他台商投资相对集中地区的经济发展，海峡西岸经济区有望成为又一个跃升至国家层面的经济区。海西经济区由福建、赣东、浙南和粤东等四个部分构成，覆盖了4省30个市域经济区，建立起长三角与珠三角承接的经济区，将长江以南的东南沿海连成一片。
每个经济区都具有自身的功能特色，而海峡西岸经济区的特色在于两岸经贸。改革开放以来，由于特殊的地缘关系，福建一直走在两岸经贸合作的前沿。而两岸直航的实现，无疑将加速海峡西岸经济区的形成。
无疑，福建在海峡西岸经济区建设中处于主体地位，发挥重要作用。目前，福建省内部也在谋划与布局，《福建省沿海港口布局规划（2008－2020年）》对该省沿海港口群进行了布局和定位，厦门港作为福建两大主要港口之一，将发展成为海峡西岸物流中心。1－2月，厦门港对台海上直航集装箱运输累计完成4.75万TEU。目前，厦门港共有6家企业参与对台海上货物直航运输，共开辟了10条航线，月航班数超过44班。 两岸直航的实现也加速了福州建设保税港区，进而推动与基隆自由贸易港区实质性对接的步伐。目前，福州保税区充分把握当前对台经贸的良好机遇，先行先试，积极推动与基隆自由贸易港区的实质性对接；进一步完善落实两区对接十点思路，争取实现两区之间的通道、货物、企业等实质性的合作。为拓展两岸物流发展，福州也积极申报设立对台离岸金融中心，配套服务两岸物流协同发展先行区；重新启动对台小额贸易市场申报，进一步推进两岸经贸的互动；利用得天独厚的临港、良好的水陆空城市交通枢纽、长期从事物流配送操作等优势，建设台湾向大陆采购商品的采购中心和集散集拼中转地。
嘉兴港坐享大港直航益处
在大陆开放的港口之间，嘉兴港虽同为一类口岸，但一年仅1800多万吨的综合吞吐能力，在开放的63个港口中处于中下游。事实上，3月30日嘉兴港才迎来第一艘两岸海运直航船舶。
一个背景是，目前在嘉兴投资的台资企业已超过1100家，合同利用台资逾51亿美元，业内人士称，台资企业直接推动嘉兴与台湾各大港口间的大宗货物运输。在这组台资企业数据的辐射下，每年将从台湾运来10多万吨化工原料，经日本或中国香港等地的港口再辗转至嘉兴港。换言之，嘉兴港是整个杭州湾地区化工原材料进出口的重要中转港，通过嘉兴港，这些化学原料再辗转绍兴、杭州、湖州等工业重区。
两岸海运直航将彻底改变原有航线，货物无需再绕道至日本或中国香港，运输距离的变短将直接提高海运效率、大大降低物流成本。鉴于嘉兴港的地位，专家认为，即使未来嘉兴港不一定会开通太多的台湾直达航线，但通过与宁波—舟山港和上海港的合作，嘉兴港同样能获得直航的益处。这种合作方式，可视为开放的63个大小港口之间合作样本。
太仓港坐稳江苏第一外贸大港地位
太仓港的定位是上海国际航运中心的集装箱干线港和江苏第一外贸大港。按照规划，到2010年，太仓港将形成1.2亿吨、600万TEU的港口设计吞吐能力；拥有韩国、日本、东南亚、新加坡、美国和台湾、香港地区等近洋和远洋外贸干线，建成名副其实的近洋干线港、内贸枢纽港、江海中转港，并凸现远洋干线港雏形。而显然，两岸直航为太仓港未来的发展增添了重重的筹码。而在今年太仓市“两会”上，太仓明确提出要“抢抓海峡两岸海上直航开通契机，做足做好对台直航这篇文章，推动设立对台自由贸易港区”。
太仓港属苏州市管辖，苏州市范围内的昆山、苏州高新区、常熟、吴江、吴中5个出口加工区遍布台资企业，比例达70%－80%。太仓港已成为江苏对台直航第一大港，截至3月12日，通过太仓港驶往台湾地区的集装箱船舶达32艘次，集装箱吞吐量达3072TEU，装载货物4万余吨。
在全球经济低迷和各种不利因素对海上运输和港口行业产生较大影响的形势下，太仓港“危”中寻机，充分发挥“区港联动”优势，抢抓两岸海上直航机遇，集装箱吞吐量快速跃升。1－2月，太仓港完成货物吞吐量693.03万吨，完成集装箱吞吐量17.73万TEU，进出港旅客287人次，同比分别增长36%、11%和99%。
促进两岸港口抱团合作
两岸直航后，高雄港为增加优势，与大陆港航企业频频进行合作。3月份，高雄港务局局长谢明辉访问大陆，期间分别与上海港、青岛港、大连港签署合作意向书，就双方之间的相关海运业务达成共识。除了与大陆港口结盟之外，高雄港还积极与大陆航商展开合作，访问期间，高雄港还分别与中海集团、招商局集团以及中外运长航集团签署合作协议，未来双方可能在航线、码头经营等方面进行策略合作。
两岸海上直航的开启，将有利于两岸港口在环保、管理、通关等方面的合作。同时，我们也可以站在比较全局的高度，来研究台湾海峡区域港口资源的合理开发利用问题。比如说，目前台湾地区港口发展水平较高，而福建的港区建设水平相对较低，但潜力很大。两岸海运直航的实现，使得两岸港区可以通过优势互补，分工协作，互相配合，对港口建设和营运进行统一规划，共同建设航运港口体系，最大限度地实现两岸港口资源的开发利用。
在大陆开放直航的63个港口之间，也存在着加强合作和重新定位的问题。一方面，直航在众多中小港口的开启，将使得一些大型港口暂时面临着货源流失的局面，势必使得港口要从改进服务等各个方面加强揽货渠道；另一方面，也同样会刺激功能相同、地域相近的中小港口之间的抱团合作。
