《方案》提出，国家新农合信息平台要发挥枢纽作用，负责跨省就医转诊、结报等数据交换工作;省级平台负责联通省内定点联网医疗机构，即时上传本省患者到外省的转诊信息，汇集并上传外省转诊患者在本省定点联网医疗机构就医结报的相关数据;医疗机构按照属地化原则通过省级平台与国家平台联通，国家卫生计生委预算管理医院、暂不具备联通条件的省(区、市)所属三级医疗机构直接与国家平台联通。
《方案》要求，各省(区、市)要规范并相对统一省内和省外异地就医补偿政策，实现用药目录、诊疗项目等方面的统一，规范异地就医业务流程。经规范转诊至省外定点联网医疗机构就医的患者，出院结算时仅支付自付金额，新农合基金支付部分由医疗机构垫付，医疗机构定期向就医所在省级结算中心申请垫付资金回款;对于不具备提供直接结报条件的地区，参合地经办机构根据国家平台提供的就医费用信息，依据本地政策计算补偿费用，将补偿费用直接汇至参合患者的居民健康卡或银行账户中。国家卫生计生委依托中国医学科学院(国家平台承建单位)承担国家级异地就医结算管理职能。
《方案》对全国新农合医疗异地就医联网结报工作进度排出了时间表。2016年10月底前，各省(区、市)要建成省级结算中心，或委托相关单位承担跨省就医结算职能，全面实现省内异地就医结报，至少推出两个地级市，并遴选若干家省外联网医疗机构，开展跨省就医联网结报试点工作;2017年年底前，基本实现新农合转诊住院患者全国异地就医联网结报。
