根据规定，灵活就业人员将按其所在统筹地区上年度在岗职工平均工资的5%，缴纳基本医疗保险费。与一般从业人员不同，灵活就业人员按季度缴纳基本医疗保险费，并全部划入统筹基金，退休前享受统筹基金支付待遇，退休后不再缴费，并享受个人账户待遇和统筹基金支付待遇。
1995年以来，海南省相继出台了《海南省公务员医疗补助办法》《海南省社会补充医疗保险办法》《海南省城镇个人参加医疗保险办法》《海南省社会医疗补助办法》等一系列医疗保险政策，新条例出台后，除《海南省公务员医疗补助办法》予以保留外，其他规范性文件将予以废止，这意味着海南全体城镇居民将纳入统一的基本医疗保险体系。
同时，《条例》还提高了统筹基金支付限额，年最高支付限额由相当于上年度在岗职工年平均工资的4倍左右，修改为最高可10倍。
为保障国有企业职工的权益和基本医疗保险基金的正常运行，《条例》还做出规定，国有用人单位因依法破产、撤销、解散、关闭以及其他原因终止的，应当从其清算财产中征缴欠缴的基本医疗保险费，其清算财产不足以清偿欠缴的基本医疗保险费的，由同级财政给予补助。
