多名供货商声称，目前光合作用在北京的七八家门店，共有四五百家供货商，债务约有1000多万元。不过，上述说法未获得光合作用厦门总部和孙池本人的证实。
任志鸿透露，早在几年前，光合作用就存在一定的资金困境，而企业主(孙池)以及相关团队，都是很有理想的，一直在努力克服，但如今看，情况已经很不乐观了。
此前，孙池提出了“悦读”这一生活方式，希望通过建设区别于“新华书店系”的商业模式，打造“第二个书房”。在光合作用的门店，图书大都是畅销书，店内环境设计十分温馨。
孙池曾对外透露，在扣除物流、人力、房租的成本之后，图书销售的净利润率约在3%。为了提升盈利能力，光合作用在门店内引进其他相关的文化产品，包括CD、杂志、文化用品等，这类商品是“非定价产品”，毛利率至少要比书籍高出10%。
但是，光合作用并未跑赢书店成本上升的速度。
任志鸿称，近几年，图书零售市场都保持5%左右的上升速度，但在中国很多发达的城市，许多民营书店都开始由城市核心区向郊区搬迁。在这一现象的背后，是实体门店物业费用不断上涨的现实。
从2004年开始，光合作用开始拖欠供应商货款。有不愿意透露姓名的供应商称，截至目前，光合作用拖欠的货款达千万级别。
事实上，从2004年开始，光合作用也进入高速的发展时期，光合作用的门店，由10余家膨胀到鼎盛时期的31家。
这一时期，其运营成本尤其是门店租金和用工成本大幅上升。按照物业租金和用工成本的行业平均值增长50%计算，光合作用即使采用了包括CD、杂志、文化用品等拥有10%毛利的商品品类，也难抵成本上涨带来的压力。
光合作用关张，并非民营书店艰难生存环境下的孤例。今年7月，拥有17年历史的北京著名独立书店风入松贴出了停业通知;7月底，上海季风园书店也传来关闭的消息;9月22日，广州仅余的两家三联书店也宣布结业。
任志鸿称，虽然中国目前在大力推荐文化产业的发展，但在图书出版乃至发行领域，国营和民营企业享受的是不同的待遇。在国外众多国家，图书行业都是低税或者免税的，而在中国，国营图书企业才享受税收优惠政策。这从一定程度上，加重了民营企业的发展负担。
电子商务夹击
“图书网络零售市场在未来的5-10年将保持强劲增长的势头”
除了运营成本上升、民企享受不同于国企的税收待遇之外，电子图书和电子商务的兴起，也是造成众多民营书店倒闭的重要原因。
伴随京东商城、当当网等电子商务网站的兴起，从2008年以来，通过电商渠道销售的图书年均增幅达100%。目前，电商渠道在出版社总体的市场占比已从以往的不到5%，增长到35%以上。
易观国际发布的《2011年第二季度中国网上零售市场季度监测》数据显示，网络图书销售同比增长84.5%，网络图书销售也成为众多B2C网站吸引流量、做大规模的“金饽饽”。
电子商务企业的价格战，曾致使传统出版企业遭受巨大压力。5月16日，京东商城打出了“全部少儿图书四折封顶”的促销广告，引起部分少儿出版社的强烈不满。5月17日，以中国少年儿童新闻出版总社、接力出版社为首的24家少儿出版社率先表示将维权，联合发表声明对京东商城的这一促销行为表示谴责。
对于网络图书销售市场发展前景的评价，苏宁易购总经理李斌表示，“完全有理由相信，随着网民人数的激增以及网络购物人群规模的持续扩大，也有赖于消费者网络消费习惯的建立和稳固，图书网络零售市场在未来的5-10年，仍将保持强劲增长的势头。”
电子商务企业夹击下的传统书店，需要依托转型以获得生存空间。任志鸿称，现在业内做得最好的台湾诚品书店，似乎是国内众多从业者的模板。未来图书销售必定只是一个载体，图书销售占到总营业额20%以下才合理，纯粹的图书发行和图书物流企业都无法生存。
