公立医院改革是深化医药卫生体制改革的一项重要任务。2010年以来国家先后确定了100个试点城市开展公立医院改革探索。各试点城市在很多方面都积累些好的经验，有些做法完善后可以复制推广。
但是影响城市公立医院改革和发展的一些深层次的机制体制问题依然存在，为此，可以在充分总结前期试点经验的基础上，进一步深化公立医院改革，在以下一些环节取得新突破。
首先，中央层面应基于问题导向、经验导向和理论导向，及时总结地方经验，完善顶层设计，在制度安排上明确改革的时间表、路线图，加强分类指导。另一方面则是推动顶层设计和基层探索互动。而评价公立医院改革的成效，要看是否解决了老百姓看病贵看病难的问题，是否建立良性的医患关系，是否调动作为改革主力军的医疗技术人员的积极性。
只要符合这三个标准，顶层设计的“天花板”就应更高一些，思想观念更解放一些，特别是给予试点城市更大的自主权，把价格调整、收入分配、人事制度、药品招标采购等方面的权力下放给试点城市。在明确战略方向、目标和边界底线的基础上，充分尊重自下而上的创造和探索，鼓励突破政策障碍，鼓励大胆试验、大胆突破，把改革开放引向深入。
应看到，公立医院改革并不只是改革医院，是政府职能改变，更是整个医疗服务生态的变革，重新界定政府、公立医院、社会、患者的权责关系，确保公立医院的公益性。因而，接下来的改革应落实财政对公立医院的投入政策，保证中央关于公立医院改革的政策不折不扣地落实，公立医院改革不能以减轻政府财政负担为目的，应逐步建立可持续的补偿机制，切实增加政府投入，以置换出百姓的费用，重新建立公益性的医疗制度。
而在管理体制上，应逐步在公立医院建立现代医院管理体制。一方面这需要推进政事分开和管办分开，处理好政府和办医机构的关系，合理界定政府作为出资人的举办监督职责和公立医院作为事业单位的自主运营管理权限。另一方面，政府也应该简政放权，落实公立医院自主权，完善法人治理结构和治理机制，各级地方政府应切实按照中央的要求，给医院独立的经营权、人事权、财务支配权和奖惩权，激发公立医院改革的内生动力。
最后建立以公益性为导向的考核评价机制，以及建立公立医院运行新机制，采取综合措施切断医院和医务人员与药品间的利益链。改变收入结构，提高业务收入中技术劳务性收入的比重，降低药品和卫生材料收入的比重，确保公立医院良性运行和发展。
