最苦闷的时期，常清得到了著名经济学家陈吉元等人的鼓励。常清的博士导师陈吉元教授多次鼓励常清要持之以恒，他教导常清：“既然期货市场是有利于民族富强的事业，你就不能当商业去做，必须当事业去做。”
1996年，常清开始去当时的北京商学院，也就是后来的北京工商大学授课，担任硕士生导师。
1999年，常清为公司找到了新的资金，引进了一家民营企业为公司注资，坚持留下来的人也拿到了拖欠已久的工资。
2001年，常清和田源等人在中国证监会的支持下，筹备成立了中国期货业协会，常清被推选为协会的副会长。
致力于培养大师
在公司经营陷于停滞的日子里，常清开始投资于股市，由于能够正确运用自己所掌握的经济及金融知识，理论联系实际，常清在股市总能有所斩获，很少有失手的时候。
2001年，常清通过研究发现，大宗商品市场将长期处于牛市，于是和几个朋友合伙，他出智力，朋友出钱，投资于大宗商品期货，收获颇丰。
常清在股市和期货投资中总结出了自己的投资理论，就是要相信市场总是正确的，要顺势而为，理性投资。要结合对宏观经济周期的判断，进行战略投资，而不是耍小聪明。
2001年，国家宣布对于期货市场的治理整顿结束，中国期货市场开始逐渐恢复元气。随后，期货业扭转了连续多年持续下滑的局面，成交额逐年上升。到2005年，中国期货市场总成交金额达到了13.4万亿元，超过整顿前1995年10万亿的水平。
同期，金鹏期货的发展也走上了正轨。虽然雇员人数并没有超过鼎盛时期，但公司的交易量和客户数一直在行业名列前茅。
常清在为企业客户服务的过程中，发现中国加入WTO后，中国企业面临的最大问题不是适应WTO规则的问题，而是难以适应国内外原材料价格接轨所带来的市场波动，对汇率和利率波动带来的风险也无所适从。一方面是原材料价格的大幅上涨，一方面是美元对人民币的不断贬值，给出口企业带来汇兑损失，直接侵蚀了中国加工出口企业的利润，很多企业陷入了悲惨式的增长。
针对这一情况，常清提出了自己的“企业全面风险管理理论”，即企业应该参与套期保值，通过期货市场转移原材料价格上涨的风险。在中国尚未推出汇率期货的情况下，还应该通过合同约定等方式来规避汇率风险。
金鹏期货的很多企业客户，如新希望集团、特变电工，按照常清的理论去实践，通过套期保值等方式，为企业锁定了利润。
常清表示，自己接下来的工作重点是教书育人。常清解释“近年来中国在国际金融市场吃尽了苦头，屡遭国际基金的狩猎，比如‘中航油事件’、‘国储铜事件’等等，很重要的一个原因就是缺少期货方面的专业人才，人才危机是中国期货业的真正危机。
