周鸿祎在雅虎的活儿干得很不错。2004年雅虎中国一举扭亏为赢，实现营收近4000万美元，利润近1000万美元，当年的盈利指标顺利完成。不仅如此，雅虎中国搜索业务也超过谷歌中国，邮箱超过了新浪，成为行业第二，并把战火烧到了网易门口。不过，在显赫成绩的背后却是周鸿祎与雅虎总部间种种矛盾的发酵。
2004年6月，雅虎全球惟一的独立搜索门户“一搜”在华发布，主打MP3搜索，号称“中国最大的娱乐音乐搜索”。“一搜”的出现正是看到了百度的弱点，抢占了用户的心智。即使在今天看来，“一搜”的诸多创新和客户体验仍然让人惊叹不已。它有极简化的一站式入口及搜索结果页面，不受任何广告干扰，没有人工干预，通过它可以搜索全球50亿网页，支持38种语言。
“一搜”一经推出即获成功，并给雅虎中国带来新的发展机遇。实际上，周鸿祎在做“一搜”时，并没有征得雅虎总部同意，而是直接从3721拿钱下注，这引起雅虎高层的不满。好在雅虎中国的业务发展不错，总部也只好顺水推舟，对桀骜不驯的周鸿祎睁一只眼闭一只眼。
“基础服务就应该免费，就应该比收费产品做得更好”，这一点，周鸿祎早在推出雅虎1G邮箱时就已经断言——当年雅虎邮箱的横空出世，撼动了被认为江山已定的邮箱市场格局。周鸿祎认为，要提高竞争优势，就必须有自身的特色，邮箱和搜索都是互联网应该提供的最基本的服务，雅虎不会在这上面挣钱。
在这之前，谷歌在美国市场推出了海量的1000MB免费邮箱，国内对手却因为害怕耗费带宽又不赚钱不敢贸然跟进。而在周鸿祎看来，电子邮箱将重返免费时代，免费邮箱成为网站的基本服务而不是挣钱工具，这将成为一大趋势。
周鸿祎的“周氏变法”让雅虎中国的业务风生水起，尝到甜头的雅虎老板杨致远觉得周鸿祎身上还有金子可挖。他对雅虎中国的2005年工作提出了更高要求，但拒绝提供任何资金支持。周鸿祎终于不乐意了，他强烈要求雅虎总部增加投资预算。2005年初，周鸿祎和总部多次谈判仍未如愿。
2005年7月6日晚，北京CBD嘉里中心，身穿黑T恤衫，灰色大裤衩的周鸿祎给同事们带来一个很突兀的消息，他宣布8月31日辞去雅虎中国区总裁一职，“进入雅虎时，我和杨致远约定的就是一到两年，这是出售3721的售后服务。”
第二次战役：免费安全之战
对象：瑞星、金山、卡巴斯基
2006年3月，在做了一段时间天使投资人以后，周鸿祎又冲杀到互联网行业的一线，他再次创业，出任奇虎公司的董事长一职。4个月后，即2006年7月，周鸿祎推出了“360安全卫士”免费软件，主打卸载流氓软件。百度、CNNIC、雅虎助手等一大批根深蒂固的插件哗啦啦被清理干净。软件发布头两月，每天卸载的恶评软件就达100万，其中雅虎助手就在60万次以上。
此时，雅虎中国已经卖给了阿里巴巴，马云成为了雅虎中国掌门人，雅虎上网助手是其重要收入来源之一，周鸿祎将反流氓软件的矛头直接对准雅虎上网助手，这就相当于和马云作对。互联网第一口水战由此产生，周鸿祎和马云均号召各自客户不要与对方有业务来往，并相互赌咒称，永远不投资对方企业，永远不和对方发生业务往来。
当时，几乎所有的互联网评论人士都站出来表明自己的立场，只有杀毒软件厂商一直保持沉默，似乎与他们没有丝毫联系。然而，他们4年之后才发现，互联网第一口水战意味着自己脚底下的大地正酝酿着一次地震——网络安全的话语权正从他们的手中脱落，落到360安全卫士这个不起眼的、简陋的安全辅助工具上。
没有人感觉到互联网行业的暗流涌动，甚至连周鸿祎也没有感觉到，因为360安全卫士只不过是他要发泄自己一肚子气的工具——既然业界要把流氓软件鼻祖的帽子扣到他头上，那么他就要通杀所有的流氓软件，以清洗自己的不白之冤。周鸿祎甚至把360安全卫士定义成一个公益性产品，流氓软件杀光后，这个产品就将完成它的历史使命。
